Hang Địa Linh

Hang Địa Linh dài khoảng 1500m và là hang đầu tiên trong cuộc hành trình xuất phát từ bến thuyền sông Sào Khê tham quan tuyến số 1. Hang còn có tên là hang Châu Báu vì khi vào đây du khách sẽ có cảm giác như lạc vào kho báu của những nhũ đá hóa thạch. Ra khỏi cửa hang là một khung cảnh sơn thủy hữu tình của mây trời, núi non và sông nước.[28] Hang dài 260 m với nhiều nhũ đá rủ xuống kì ảo.

Hang Nấu Rượu

Trong hang Nấu Rượu có mạch nước ngầm sâu hơn 10m, tương truyền xưa kia các bậc tiền bối đã vào đây lấy nước để nấu rượu tiến vua.

Hang Ba Giọt

Hang Ba Giọt có nhiều nhũ đá với đủ màu sắc xuất hiện. Có loại gọi là cây bụt mọc xuyên từ trần ngược xuống. Điểm đặc biệt là các nhũ đá ở hang Ba Giọt không khô như những hang trước mà ướt đẫm và tiếp tục biến hình, hình thành nên những hình dáng, sắc thái mới...

Hang Sính, hang Si và hang Ba Giọt gắn liền với truyền thuyết một câu chuyện tình buồn. Xưa có chàng công tử yêu tha thiết một nàng công nương. Khi chàng gánh sính lễ đến hang Sính để cầu hôn thì nàng đã bị cống nạp cho nước láng giềng. Chàng sang hang Ba giọt tắm gội, sau đó ôm khối tình riêng trầm mình ở hang Si.[29]

Tương truyền ai đi qua hang Ba Giọt mà đón được ba giọt nước từ nhũ đá nhỏ vào lòng bàn tay sẽ may mắn trong cuộc đời và hạnh phúc trong tình yêu.

Hang Bói

Hang Bói là một di chỉ khảo cổ học có giá trị trong quần thể di sản thế giới Tràng An. Lối vào hang sâu thăm thẳm, rậm rạp với nhiều loài cây mọc ken dày, ánh nắng không thể chiếu xuống đất được nên con đường đầy rêu và thảm lá cây.

Hang Bói được phát hiện năm 2002. Lúc đó lòng hang có nhiều vỏ nhuyễn thể, xương động vật và một vài mảnh tước, bằng chứng cho thấy dấu ấn người tiền sử thuộc Văn hóa Hòa Bình sớm cách ngày nay khoảng một vạn năm. Các nhà nghiên cứu thống nhất đặt tên hang Bói vì nó ở trong khu thung Bói gắn với truyền thuyết vua quan Nhà Trần từng gieo quẻ bói tại đây.

Từ năm 2007, khu này đã được các nhà cổ sinh, địa chất, khảo cổ của Việt Nam và Đại học Tổng hợp Cambridge- Anh quốc nghiên cứu khảo sát. Hố thám sát và cửa hang được rào kín bằng lưới sắt. Di chỉ khảo cổ học hang Bói gồm hai phần: hang trên rộng khoảng 200m2, hang dưới rộng 150m2. Từ cửa hang, phải cầm đèn pin lần theo cầu thang sắt cheo leo đi xuống.

Nhiều cột đá, măng đá lấp lánh như kim tuyến. Các nhà khoa học cho rằng nơi đây có dấu ấn người tiền sử cách nay 5.000 đến 30.000 năm. Nguồn thức ăn chính của người tiền sử là ốc núi, thủy sản sông suối, rùa núi, cua đá, chim thú nhỏ, các loại củ, quả, hạt... Chỗ ở của họ là hang đá, mái đá. Giới khoa học nhận định, dưới đáy hang có thể là một dòng sông cổ.